VID konstatēja, ka pieteicējam – Čehijas komersantam, kas reģistrējies kā PVN maksātājs Latvijā, – nav tiesību atskaitīt priekšnodokli par preču iegādi, jo neizpildās Pievienotās vērtības nodokļa likuma 92. panta pirmās daļas 1. punkta priekšnoteikums, ka preces ir iegādātas ar nodokli apliekamu darījumu nodrošināšanai. VID ieskatā, pieteicējs neiesniedza pilnīgu informāciju par preču iegādes darījumu būtību, bet no sniegtās informācijas nav konstatējama tieša un tūlītēja saikne starp deklarētajiem darījumiem un vēlāk veiktiem darījumiem, kas piešķir priekšnodokļa atskaitīšanas tiesības. Administratīvā apgabaltiesa VID lēmumu atzina par pamatotu.

Senātam lietā bija izšķirams, vai Administratīvā apgabaltiesa, pārbaudot VID lēmumu neapstiprināt un neatmaksāt PVN pārmaksu, ir ievērojusi objektīvās izmeklēšanas principu un pienācīgi novērtējusi pierādījumus.

Spriedumā norādīts uz Senāta praksē nostiprinātu atziņu, ka, atbilstoši Pievienotās vērtības nodokļa likuma 92. panta pirmās daļas 1. punktam, viens no priekšnoteikumiem, lai persona varētu atskaitīt priekšnodokli, ir tas, ka saņemtie pakalpojumi, par kuriem izrakstīts rēķins ar PVN, ir izmantoti šīs personas ar nodokli apliekamo darījumu nodrošināšanai. Citiem vārdiem sakot, nepieciešams konstatēt tiešu un tūlītēju saikni starp sākotnējo darījumu un tālākajiem ar nodokli apliekamajiem darījumiem.

Lai konstatētu, ka saņemtās preces ir saistītas ar pieteicēja saimniecisko darbību, ir jākonstatē, ka saņemto preču, par kurām tiek atskaitīts priekšnodoklis, izmaksas veido daļu no sabiedrības tālāk sniegto pakalpojumu vai pārdoto preču cenas, proti, jākonstatē, ka saņemtās preces ir devušas kādu patiesu pienesumu sabiedrībai, kas atstājis ietekmi uz sabiedrības sniegto gala pakalpojumu vai pārdoto preču cenu.

Senāts spriedumā norāda, ka tiesai šajā lietā ir jānovērtē, vai iekārtu iegāde ir saistīta ar pieteicēja Latvijā un/vai Čehijā veiktiem apliekamajiem darījumiem.

Senāts konstatēja, ka apgabaltiesa nav sniegusi pienācīgu vērtējumu pieteicēja skaidrojumam par darījumu būtību un vietu plašākā saimnieciskās darbības kontekstā. Pieteicēja bija skaidrojusi iesaistīto personu un darījumu ķēdē ietilpstošo darījumu saikni ar automobiļu ražošanas procesu, tai skaitā norādot uz katra komersanta darbības specifiku un to, ka darījumu struktūra ir tieši saistīta ar risku sadalījumu atbilstoši katra komersanta darbības specifikai un saimnieciskās darbības mērķiem.

Senāts arī pievērsās jautājumam par to, kādas prasības izvirzāmas VID lēmuma pamatojumam, ja VID atsaka apstiprināt un atmaksāt PVN pārmaksu.

Senāts norādīja uz to, ka PVN pārmaksa veidojas, ja atskaitāmais priekšnodoklis pārsniedz valsts budžetā maksājamo nodokli. Neapstiprinot pārmaksu, VID, tāpat kā audita gadījumā, būtībā liedz tiesības uz priešnodokļa atskaitīšanu. Šāds lēmums ir nodokļa maksātājam nelabvēlīgs lēmums, jo tiek liegtas tiesības uz priekšnodokļa atskaitīšanu, kas ir neatņemama PVN sistēmas sastāvdaļa, kā arī tiek ierobežotas tiesības uz pārmaksu, kas būtībā ir nodokļu maksātāja īpašums. Ievērojot minēto, VID, neapstiprinot un neatmaksājot pārmaksu, nevis atsaka izdot labvēlīgu administratīvo aktu par tiesībām uz pārmaksas atmaksu (šādas tiesības nodokļu maksātājam pastāv jau uz darījumu un deklarāciju pamata), bet gan izdod nelabvēlīgu administratīvo aktu, ar kuru atsaka atzīt un īstenot šīs tiesības.

Tas savukārt nozīmē, ka tiesai, pārbaudot VID lēmuma tiesiskumu, ir jāpārbauda tikai tas pamatojums tiesību uz priekšnodokļa atmaksu liegšanai, kādu VID ir norādījis pārsūdzētajā administratīvajā aktā. Ja priekšnodokļa atskaitīšanas tiesības liegtas nepamatoti un tādējādi atkrīt tas šķērslis pārmaksas apstiprināšanai, ko VID bija norādījis, tiesai ir pamats ar spriedumu uzlikt pienākumu VID apstiprināt pārmaksu. Vienlaikus jāievēro, ka lēmums par pārmaksas apstiprināšanu vai neapstiprināšanu neliedz VID veikt auditu un pilnībā izvērtēt nodokļa maksātāja nodokļu saistības.